Su disciplina deportiva principal es el fútbol, actualmente milita en la Serie A de Ecuador como local en el Estadio George Capwell. Posee su propio equipo filial en la Segunda Categoría de Ecuador llamado Rocafuerte Fútbol Club.
Ha sido campeón del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol en trece ocasiones: 1957, 1961, 1965 (campeón invicto), 1972, 1979, 1988, 1993, 1994, 2001, 2002, 2013, 2014 y 2015. Es el único equipo ecuatoriano que ha sido campeón en todas las décadas en las que se han disputado campeonatos nacionales. Es el segundo equipo en lograr un tricampeonato en el Campeonato Ecuatoriano, y el primer equipo de Guayaquil en obtenerlo.
